梅克尔憩室的诊断应该根据患者病史、临床症状、体格检查和影像学检查来综合考虑。同时诊断中，需排除结肠息肉、急性阑尾炎等疾病。梅克尔憩室患者一般有便血、腹痛、呕吐等症状，需要及时就医。
体格检查腹部按压如果伴有炎症或穿孔时，患者的右下腹或脐下会有明显的肌紧张和压痛、反跳痛。
实验室检查血常规一般有明显的白细胞和中性粒细胞升高。
影像学检查首选全消化道钡餐造影或钡灌肠检查，可明确憩室发生的部位、大小以及形态等。其次，进行核素扫描，扫描简单易行，对有异位胃黏膜在憩室里面的患者，诊断的敏感性和特异性很高。