反流性食管炎虽然名称中带有“炎”字，但是并不同于一般的感染性炎症，治疗反流性食管炎是不需要应用抗菌药物的。
反流性食管炎的发生是由于胃内容物或者十二指肠内容物反流到食管，对食管黏膜造成损伤引起的无菌性炎症。
系统治疗反流性食管炎主要是应用抑制胃酸分泌的药物，促进胃肠蠕动的药物，以及保护消化道黏膜的药物。
抑制胃酸分泌的药物可以应用质子泵抑制剂或者h2受体拮抗剂。质子泵抑制剂通常用奥美拉唑、泮托拉唑等。这一类抑酸药物抑酸作用强，疗效确切是治疗反流性食管炎的首选药物，一般反流性食管炎应用抑酸药物的疗程是4到8周。
h2受体拮抗剂抑酸作用比质子泵抑制剂要弱一些，适用于轻症或者是中症的病人。一般可以按照治疗消化性溃疡的常规用量分次服用，疗程8到12周。促进胃肠蠕动的药物可以应用吗丁啉、莫沙必利、依托比例等。
这些药物可以通过增加食管下端括约肌的压力、改善食管的蠕动功能、促进胃的排空，从而减少胃内容物和十二指肠内容物的反流。
保护消化道黏膜的药物，可以应用铝碳酸镁咀嚼片、硫糖铝等。
系统规范的治疗反流性食管炎需要按需治疗和长期治疗。如果病人合并有巴雷特食管或者食管裂孔疝，就需要长期维持治疗。