脑部CT对人体的副作用主要是指射线对人体的损伤。脑部CT主要是利用放射性对人体进行扫查，所以会对人体产生一定的放射线损伤。
但是实际上单次的脑部CT对人体的放射线的剂量是非常低的，所以不会对人体产生什么明显的影响。而且有些脑部的疾病，CT是其他的影像学方式所无法代替的。比如脑部的外伤、脑部的出血性病变等，必须用脑部CT来进行检查。
医生在为患者开具申请单的时候，会考虑到CT对人体的辐射作用。所以，一些特殊的人群，比如婴幼儿或者是育龄期的女性，医生也会尽量选择其他的检查方式来代替CT。