月经期间肚子疼痛是因为子宫收缩、子宫内前列腺素样物质增多，以及盆腔充血引起。
女性在来月经的时候整个盆腔处于一种充血的状态，所以就会感觉到小肚子疼痛。另外，子宫会分泌一些前列腺素样的物质，这样的物质能够促使子宫收缩，能够将子宫内膜和月经血排出体外，但子宫收缩会引起女性小肚子的疼痛。
有的女性月经期肚子疼痛，是由于子宫内膜异位在子宫腔以外的部位引起的，是病理现象，临床上称之为子宫内膜异位症。