大便酸臭与胃酸排出一般没有关系。导致大便酸臭的原因比较多，主要考虑是饮食的因素、肠道疾病、便秘等情况导致的。
如果在饮食上经常吃一些辛辣、刺激、油腻、烧烤、高糖、高脂、高蛋白类的食物，大便在肠道中经细菌的分解会产生氨性物质，排出时容易出现剧烈的臭味。另外肠道方面的疾病常见的有胃肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病，均可导致菌群失调，肠道里面的食物不能被完全分解，排出时还会出现严重的酸臭味。
便秘的患者由于大便长期在肠道内停留，在细菌的分解下患者也会出现这种情况，除此以外肠道恶性肿瘤导致肠道完全或不完全性梗阻，也会引起大便酸臭味。