怀孕两次是畸形，多是由于身体内激素水平异常、染色体异常、孕妇自身疾病、孕妇病毒感染、遗传因素、环境因素、饮食因素、生活习惯等原因导致。
出现两次胎儿发育畸形的情况，需要在再次备孕前进行全面的检查，而且在备孕期间和怀孕后需要孕妇多注意不能接触有害物质，不能盲目地服用某些药物，而且在备孕期间还需要男女双方戒除烟酒。
如果是因为遗传因素或者是染色体异常所导致的胎儿发育畸形，必要的时候可以进行第三代试管婴儿，这样可以降低畸形率。