雷公藤最为常见的副作用为消化道症状，因为药物成分对胃肠道黏膜有一定刺激性。有的患者使用该药物，会引起恶心、呕吐等上腹部不适症状，较为严重时可导致消化道出血。
对骨髓造血系统也可产生抑制，导致血小板、白细胞、红细胞减少。特别严重情况，有诱发再生障碍性贫血的可能。雷公藤还有可能引起心电图改变，出现心律失常、胸闷、心悸等。极个别患者，可因发生心源性休克危及生命。
除此之外，该药物还可导致肾脏损伤，也可引起皮肤黏膜反应，如口腔溃疡、皮疹、色素沉着等。