原发性胆汁性肝硬化的确诊，需要根据病理组织学、肝功能、腹部CT、腹部B超、症状、免疫学检查等进行综合判断确诊。
目前，诊断原发性胆汁性肝硬化的金标准为病理组织学诊断，而且在进行免疫学检查时，如果检测的结果为阳性的抗线粒体抗体，也可以初步诊断为原发性胆汁性肝硬化，而且在进行肝功能检查时，会出现转氨酶和胆红素升高，进行CT及腹部彩超时，也可以判断肝质异常。
患有原发性胆汁性肝硬化的患者，多会出现黄疸、瘙痒、转氨酶升高、肝功能不全等症状。