肛周脓肿可以使用头孢类的消炎药，还可以使用替硝唑胶囊、甲硝唑胶囊、阿奇霉素，以及红霉素等消炎药物。
肛周脓肿是由于细菌感染所引起，可以使用消炎药进行对症治疗，但是起不到根本性治疗的作用，主要还是以缓解症状为主。
肛周脓肿在脓液形成以后，建议要及时通过手术的方法进行治疗。目前在临床上也多是采用一次性根治手术，最大程度上降低了二次手术的痛苦，而且一次性的根治手术，也降低了肛周脓肿术后复发的几率。
肛周脓肿在手术之后，也建议做到按时换药，减少术后疼痛、出血、感染等相关并发症。