临床上无论是口服药物，还是外用药物，对于眼睑基底细胞癌都是没有治疗效果的。患有该疾病后，主要通过手术，以及化疗和放疗等一些方式进行治疗，并不推荐使用外用药物或者口服药物进行治疗。
眼睑基底细胞癌在早期，如果可以足范围的将病变部位切除，在术后辅以放疗和化疗等一些治疗手段，通常会获得比较不错的预后。但是，如果疾病持续发展，则有可能需要将眶内容物剜除。
如果病变已经出现脑部，或者一些其它部位转移，预后则是比较差的。只能通过放疗或者化疗，来延长患者的生存时间。