药物治疗心房颤动，根据药物的不同，副作用也有不同：
第一，胺碘酮，胺碘酮常常用于维持窦性心律，预防心房颤动发作。长时间使用胺碘酮或者剂量偏大的情况下，会引起甲状腺功能改变，出现甲亢或者甲状腺功能减退的现象。此外，尤其是静脉注射的胺碘酮，有可能引起尖端扭转型室性心动过速现象发生，危及生命的安全，极少数的患者有可能出现肺纤维化改变。
第二，抗凝药物，主要是用来预防房颤相关的血栓并发症，比如华法林或者利伐沙班，常见的副作用是引起出血并发症，比如脑出血或者消化道出血等。