海狗丸的主要组方为中药材，相对副作用较小。而且在说明书中，也标明副作用及不良反应尚不明确。这也说明其在临床应用中，暂时未发现明显的副作用。
但是因每个患者都有个体差异，在用药之后，也可能会出现一些不适反应，所以在服用海狗丸期间，如有任何不适症状出现，就需要停药就诊检查。
另外，对于儿童，还有孕妇，以及糖尿病、高血压患者，禁止服用海狗丸。有肝、肾病和心脏病的患者，应在医师指导下服用，如果是运动员要慎用本品。