偏头痛导致眼睛疼，多数是因为偏头痛一般为三叉神经痛，而眼角膜上存在三叉神经的分支，所以当偏头痛发作时会累及到眼角膜，进而产生眼睛疼痛。
也可能为丛集性头痛所引起，属于原发性神经血管性头痛。目前在临床上病因并不明确，在偏头痛发作时患者头痛的时间可能为几分钟，也可能为几个小时。多数患者表现为突然停止疼痛，也有少数患者头痛症状缓慢缓解。
同时患者还会伴有眼结膜充血，主要表现为眼睛疼痛、流泪。常见于夜间发病，多数患者会在入睡后的1-2小时发病，患者可服用舒马普坦、佐米曲普坦等药物进行治疗。