宝宝发烧打针后拉肚子，有可能是应用抗生素药物后导致菌群紊乱，也可能肠炎的可能性比较大。
宝宝发烧是因为病原体侵入体内，刺激免疫系统引起的症状。而导致拉肚子，通常是胃肠道黏膜受到刺激引起的。细菌感染引起的发烧，通常需要应用抗生素治疗，但是应用抗生素也有一个副反应，用抗生素治疗会导致肠道内的菌群发生紊乱，从而容易引起腹泻。
也有可能本身宝宝患有肠炎，引起腹泻发烧，与打针没有直接的关系。需要及时地给予止泻以及益生菌药物治疗，补充体内的水分，防止脱水。