卵巢巧克力囊肿是有可能引起月经不调。因为卵巢巧克力囊肿会破坏卵巢的皮质功能，导致卵巢功能的受损，而女性的月经周期的正常与卵巢的功能有很大的关系。
当卵巢功能发生改变，会导致体内的激素水平紊乱，导致月经不调的发生。尤其是当卵巢巧克力囊肿不断地增大的时候，甚至会导致卵巢无功能，引起卵巢功能衰竭。
所以，对于女性出现卵巢巧克力囊肿，一般都需要予以药物或者是手术等治疗。避免囊肿的不断生长，影响女性的卵巢功能，从而也影响女性的健康。