对于子宫内膜异位症的女性，绝大多数还是能够怀孕的。但是有一些子宫内膜异位症的女性由于病情比较严重，导致附近的器官出现粘连，所以可能会影响女性的生育功能。
因此有些子宫内膜异位症的患者就会出现继发性的不孕，比如女性是卵巢巧克力囊肿，而且巧克力囊肿已经超过五厘米，同时这类女性正常备孕一年以上都没有成功受孕，那就可能需要先通过腹腔镜微创手术将卵巢巧克力囊肿切除。
在切除手术以后，需要通过肌注亮丙瑞林来巩固治疗半年左右，停药以后排卵恢复，再进行备孕、怀孕。