长期的并发症主要有以下几点，
第一便血，肠息肉的便血大多偏少，有些仅仅表现为成形大便表面附带的血丝，当肠息肉出现糜烂，腐蚀大的血管时，就会出现大量的便血，便血是肠息肉最常见的并发症。
第二癌变，肠息肉分为肿瘤性息肉和非肿瘤性息肉。其中肿瘤性息肉有癌变的可能性，所以在临床上一经明确均应行手术切除。
第三，梗阻，肠道息肉比如小肠息肉，大的有可能会引起小肠套叠，引起梗阻症状。
第四，肛门肿物脱出。有些直肠下端的息肉带蒂，会在排便时脱出肛门，便后又回纳肛内。