小儿葡萄状肉瘤引起的原因主要为人乳头状瘤病毒感染，当小儿受到人乳头状瘤病毒感染后，可使阴道黏膜出现发育异常，进而可能会引起阴道内葡萄状肉瘤。
此外雌激素的影响也可能会诱发小儿葡萄状肉瘤，比如小儿的母亲在妊娠期间口服雌激素，特别是在妊娠前的3个月以内服用，更容易诱发该病。了解该病的诱因，家长应重视做好预防，比如保持小儿阴道及外阴清洁干净，以防阴道炎发生。
母亲在妊娠期应避免口服雌激素，避免接触有害气体、农药等。