儿童感染EB病毒可以引起传染性单核细胞增多症，大多数预后良好，部分可以引起病毒性心肌炎、病毒性脑炎，严重时影响到生命。
传染性单核细胞增多症表现持续高热，发热持续时间比较长，7天左右。咽喉部疼痛、烧灼感或异物感、咽喉部黏膜充血、水肿、扁桃体红肿、咽后壁淋巴滤泡肿大，可以引起肝脾肿大，严重时可以引起肝脾破裂。
EB病毒可以引起病毒性心肌炎，出现心肌细胞坏死，导致心脏泵血功能下降，出现心力衰竭。EB病毒可以引起脑炎，出现精神萎靡、嗜睡或惊厥症状，结合脑电图、脑脊液检查可以确诊。