治疗肺气囊肿，如果不存在感染的情况下不用吃药，以预防感冒、戒烟等防护性措施为主。
如果合并了肺部感染，造成发热、咳痰等表现时，应该吃消炎药减轻感染的症状，同时使用非甾体类抗炎药等退热治疗，咳嗽严重时可以口服甘草片类止咳药。如果咳嗽、咳痰时，痰液不容易咳出，应该使用化痰的药物，如氨溴索等。
肺气囊肿严重时可能发生自发性气胸，表现为剧烈的胸部疼痛、呼吸困难，如果肺部压缩体积较大时，会出现昏迷等濒危表现。如检查发现肺气囊肿较大时，可以考虑手术治疗。