单纯的精囊炎一般不需要进行手术治疗，可通过使用抗生素类的药物进行治疗，即可治愈；如果精囊局部出现了脓肿或者是合并有精囊结石，应当考虑进行手术治疗，主要是通过手术进行引流以及冲洗。
精囊手术通常在精囊镜下完成，在手术前需要进行半身麻醉，精囊镜在进入到精囊后，对囊肿部位进行引流和冲洗，能够有效的控制精囊的炎症。
如果精囊内也存在结石，需要将结石清理干净，然后向精囊内注射左氧氟沙星溶液，防止出现感染；如果精囊内存在精囊占位性病变或者肿瘤，应通过腹腔镜进行手术切除。