临床上并没有足够的证据，来证明食用蕨菜能够直接导致癌症发生。蕨菜中具有致癌风险的一个物质是原蕨苷，尤其是在蕨菜的根茎中含量最高。
原蕨苷能够与氨基酸发生反应，促进癌细胞生长。对于敏感人群，会导致患胃癌和食管癌的风险增高。但增加患癌症的风险，并不说明吃了之后就直接导致癌症发生。
患癌症风险的大小，与食用量的大小有着直接的关系。如果长期大量的食用，会对身体造成一定的危害。且中医认为蕨菜性寒，体质虚弱的人群食用之后，容易出现腹泻、难以消化的情况，建议还是要少吃或不吃蕨菜。