小儿疱疹性口炎需要区分轻重程度不同，采取不同的治疗方案。
轻度的一般不用药物治疗，只要孩子身体抵抗力良好，保持口腔卫生，适当的漱口，适当的做好防护，就可以自愈。中度稍微严重一点的，可以适当地口服抗病毒的药物，常用的有蓝芩口服液、抗病毒口服液，可以配合局部涂抹阿昔洛韦软膏，促进疱疹的愈合。
严重的小儿疱疹性口炎，既需要局部用药，也需要同时抗病毒治疗，配合口喷干扰素、雾化，口服维生素C、维生素B2促进黏膜的愈合。更严重的疱疹性口炎可能还会有溃疡，口腔的疼痛，影响进食。因此，要以流食为主，不要吃辛辣刺激和过烫的食物。