睑板腺囊肿有可能会复发，首先应明确睑板腺囊肿发作的原因，多与睑板腺体分泌旺盛、睑板腺功能障碍出现阻塞等情况相关。
如果患者睑板腺囊肿治疗后，得到有效的恢复，但是其发病的病因未得到很好的改善或者护理，睑板腺阻塞的情况仍然存在，加之个人日常护理不当，未定期就诊复查，也有可能会引起阻塞情况加重，分泌物堆积，无法正常排出而再次复发睑板腺囊肿的情况。
另外，经过睑板腺囊肿切除的患者，若术中囊壁未破除干净，则也有可能会复发。