患有手足口病的儿童，常见注射的药物有清热解毒的中成药、糖皮质激素、人血免疫球蛋白治疗，以及对症、营养支持药等。
儿童手足口病，大部分病患属于轻症，是无需打针给药治疗，通过服用抗病毒类的中成药，以及对症治疗即可逐渐痊愈。当病情较重时，才会选择打针治疗，如肌肉注射喜炎平或者炎琥宁，这两种药物具有抗病毒作用。
如果病情危重，在必要时，静脉注射糖皮质激素类药物，注射人血免疫球蛋白，以及强心剂等药物。这些药物对于挽救患儿的性命十分有益，有时须争分夺秒地积极使用。