鼻窦炎长期不治疗的危害是很多的。长期不治疗该疾病时，会对身体的多个器官造成影响，导致患者出现头昏、头痛、记忆力下降以及身体发热等症状，部分患者还可能出现嗅觉减退的情况。
当患者的炎性脓涕不小心进入咽喉部位时，可能会引起咽炎和扁桃体炎症等疾病，还可能引起支气管炎，甚至肺炎等，对身体的危害是比较大的。
当细菌进入眼睛内，可能会导致患者出现视力下降，甚至失明等眼部并发症。部分体质较差的患者，还可能出现化脓性脑膜炎以及脑脓肿等疾病。