尿道上裂生殖器畸形的治疗，要根据裂口的位置以及程度决定治疗方式。
若尿道裂口位于正常尿道口附近，且裂口较小不影响正常排尿及射精，可以不做特殊处理，定期观察即可。若裂口较大，可通过局部修补或皮瓣移植等改善，一般对性功能影响不大。
若尿道裂口位于阴茎体或者阴茎根部，治疗较为复杂，治疗后可能对生育及性功能有一定的影响。其中，尿道裂口较小，可进行简单的裂口修补，若裂口较大，无法进行修补时，则需要进行皮瓣移植等方式进行治疗。