确诊的矮小症要根据矮小症的类型以及进行检测的一些结果进行分类的治疗，治疗要达到个体化，主要的是应用生长激素的替代治疗。
在治疗的过程中要进行一些激素水平的监测，如果是伴随有先天性甲状腺功能低下的要进行一些激素的替代治疗，还有一些Turner综合症在先期进行生长激素的治疗以后要针对其性腺不发育的情况，给予一些激素的替代治疗。
还有一些是精神心理所导致的矮小症，要去除一些心理的疾患，明显低于同龄身高的要给予一些生长激素使其追上身高以后，停药观察治疗。
第三个是一些复杂性的遗传代谢性的疾病，要根据特殊的类型进行一些治疗，如果身材比较矮小，可以辅助生长激素的治疗。
这是一大类的，与生长有关的疾病，所以一定要在专科专门医生的就诊下，指导临床的治疗。