川崎病是否会有后遗症，需要根据孩子的病况以及治疗情况来看，绝大部分患儿在得到及时、有效的治疗后，都是不存在后遗症的，即使愈后可能存在一定的并发症，例如黄疸、腹胀，甚至关节疼痛等，大多也都会自行好转。
对于情况比较严重，或者病情不能得到有效控制的患儿，后遗症的可能性就相对较大，其中以冠状动脉损伤最为常见，初期一般表现为冠状动脉扩张，中后期则会转变为冠状动脉瘤，或者冠状动脉血栓等情况，部分患儿症状也可能自行消失或好转。
另外，无菌性脑脊髓膜炎也是该疾病相对常见的一个后遗症，但其危害性不是太大，恢复周期也相对快速，只是对症状对于患儿来讲比较难以耐受。