先天性尿道下裂形成的常见原因是母体年龄大于35岁、母体患有内分泌疾病、孕期8~14周盲目服用激素类药物、母体在妊娠过程中长时间接触油漆、放射性环境等。相关不良因素影响阴茎腹侧皮肤的正常发育，从而在母体内即形成尿道下裂。
为了降低尿道下裂的发病几率，备孕年龄最好是安排在35岁以前，并且备孕前规范治疗内分泌疾病。
孕期不要自行盲目用药，夫妻双方在备孕前6个月做一次全面的孕前优生健康检查，可降低畸形儿的出生概率。