沙眼和结膜炎的主要治疗方式都是局部使用药物进行治疗，但是针对于致病菌的不同，所选的药物也存在一定的区别。
沙眼主要是由于沙眼衣原体感染所致，所以一般药物大多使用的是四环素类、红霉素类等眼膏。当患者症状严重的时候，还需要全身使用抗生素类药物进行治疗。
而结膜炎可以是由于病菌、真菌、细菌或者是过敏导致。所以需要明确具体的结膜炎类型之后，再针对性的给予眼药水进行治疗。此外，由于结膜炎和沙眼都会导致结膜囊有大量的分泌物，所以还需要使用生理盐水对眼周进行擦拭清洗。