非淋菌性的尿道炎的危害有很多的，首先容易造成尿频、尿急、排尿困难、排尿疼痛、尿道口肿胀、有分泌物，有的还会出现排尿困难、不能够正常排尿、引起尿潴留。其次还有可能会引起腰酸、腹痛、腹股沟淋巴结肿大，以及头疼、头晕乏力、恶心、呕吐等并发症。
建议做一下尿道口分泌物病原菌培养，确诊是哪一种致病菌，同时进行药物敏感试验。积极的按照疗程，采取敏感的抗生素杀灭致病菌，并且多饮水，促进身体的新陈代谢。
此外，在治疗期间还应该禁止性行为，避免造成交叉感染，导致疾病的迁延不愈。