先天性的睾丸萎缩需要矫正，主要是观察睾丸有萎缩的情况，其实大部分睾丸萎缩是由于血液循环不良或激素水平不稳定所引起。
首先的治疗方法是以休息、增强营养、改善局部血液循环为主，如果保守治疗效果不好，就需要进行矫正、手术矫正。
手术的目的只不过就是使睾丸重新获得血液循环，只要是正常的能够产生精子，一般也不用特殊的进行处理，严重的甚至需要将一侧睾丸切除，如果双侧睾丸都已经出现萎缩，目前只有考虑进行睾丸移植手术。