巧克力囊肿的情况下，绝大部分不会引起便秘。便秘主要是因为日常生活中活动量减少或者是卧床休息比较多，导致胃肠道蠕动减慢，所以形成便秘的现象。另外，如果饮食经常吃一些烧烤类或者是酸辣、刺激性的食物，没有吃新鲜的水果或蔬菜，或者是吃含膳食纤维的食物减少，就有可能导致便秘症状的发生。
而巧克力囊肿常常是发生在卵巢局部的病变，常常会引起痛经，会导致不孕不育，并且会出现下腹部疼痛。一旦囊肿出现破裂，会导致急性下腹部疼痛，所以在临床上不会引起便秘症状的发生。
建议一旦有卵巢囊肿的情况下，处于生育年龄的女性，建议可以考虑手术给予治疗，并且大的卵巢巧克力囊肿有可能会导致排便困难。