长智齿会痛的原因包括如下：
1.十七八岁以后第二恒磨牙全部萌出，建立恒牙列，牙槽骨的空间不足，智齿萌出时受到周围牙槽骨和牙齿的阻力，容易产生胀痛。
2.萌出不全的智齿颌面会与软组织形成盲袋，积存食物残渣和软垢，如果不能清除，会引起细菌感染，导致肿痛。
3.生长方向歪斜的智齿可挤压前方邻牙，导致牙根吸收，出现酸胀。歪向唇或舌侧的智齿可摩擦刺激黏膜，产生创伤性的溃疡。
4.埋伏在牙槽骨内的智齿牙根接近下牙槽神经管时，会引起酸胀、麻木等感觉。