手术治疗骨刺的风险，主要取决于骨刺的部位及术者的技术水平、患者自身的状况。
由于骨刺是人体的正常退变现象，没有症状的骨刺并不需要治疗。对于跟骨的骨刺或者膝关节等关节处的骨刺，手术风险并不大，单纯通过切开，应用特殊器械去除骨刺即可。对于脊柱部位的骨刺，产生压迫神经脊髓的症状时，需要进行手术治疗。由于手术涉及神经及脊髓，相对的手术风险要大一些。但是目前随着医疗技术的发展，在一些三级甲等或者专科医院，脊柱的手术都是一个常规手术。
对于一些合并糖尿病、冠心病、肺脏疾患的患者，由于基础疾病多，相较于普通的患者，手术的风险性要增加。