肠镜检查从肛门进，不是从口进，胃镜检查会从口进。
肠镜主要检查下消化道大肠内的病变，从肛门进入到直肠和结肠，观察直肠和全结肠肠腔。做肠镜时，患者取左侧卧位或者右侧卧位，肛门及镜身涂抹石蜡油，按照循腔进镜的原则，操作不要粗暴，以免造成肠穿孔。采用反复注气、抽气、旋镜、变换体位等方法，观察整个直肠和全结肠是否有病变。可以观察到结直肠息肉、肠道炎症、结直肠肿瘤等病变。
同时，可以钳取组织进行活检，也可以在肠镜下进行治疗，如摘除大肠息肉、肠道止血、肠扭转复位、早期肠道癌前病变切除等。