引起小便刺痛的原因考虑患有感染性病变，或者外力损伤伴随感染。较为常见的感染性疾病是尿道炎，可能是大肠杆菌等致病菌感染，导致尿道内黏膜充血、水肿，尿液刺激即可发生刺痛的感觉。
由于同房时动作粗暴，或是劳作或运动过程中导致尿道损伤，尿液对损伤的创面造成刺激也可发生尿道刺痛的症状。可结合伴随症状以及外力损伤史，收集尿液做常规化验，辅助泌尿道彩超、造影等检查。
明确是感染引起的尿道刺痛，可口服吲哚美辛对症止痛，给予喹诺酮类药物抗炎治疗，同时需要增加饮水量。