肛门潮湿要根据病因选择涂抹的药物，不同的疾病用药是不相同的。
痔疮引发的肛门潮湿，可以涂抹痔疮膏，结合痔疮栓肛塞治疗。肛周湿疹引发的潮湿，可以应用温水坐浴，外涂曲安奈德益康唑乳膏、肤痔清软膏等药物治疗，能改善肛门潮湿瘙痒的状态。肛瘘引起的肛门潮湿，通过涂抹药物是没有治疗效果的，需要做手术治疗。
肛裂引起的肛门潮湿，可以应用高锰酸钾坐浴，外涂去腐生肌的痔疮膏或者红霉素软膏、莫匹罗星软膏，促进裂口愈合，可以改善肛门潮湿、疼痛。