小儿脑肿瘤的原因有环境污染、电磁辐射、病毒感染、滥用药物等。现在很多食品、快餐以及饮料中都有添加剂，其中很多并不能确定是否会致病。
儿童肝肾能力比较弱，毒素容易堆积在体内，引发恶性病变。现代家庭中的各种电器，如电视机、冰箱等，本身都存在电磁辐射，很多母亲怀孕时常用电脑，也可能对胎儿造成影响。
母亲怀孕期间如果受到乳头状病毒感染等，都有可能导致体内病变，导致小儿脑肿瘤，对新生儿用了不该用的药物或者孕期滥用药物，也可能引起小儿脑肿瘤。