睡醒后眼睛疼，常见的原因可能是长期的熬夜，睡觉的时间比较少，眼睛不能得到有效、充分的休息。临睡前长时间的近距离的玩手机或者是看书、玩电脑导致。也有可能是晚上的睡姿不正确，趴着睡，然后长时间压迫眼睛，导致眼睛部位的血液循环较差，也可以出现疼痛。
还有可能是患者出现结膜炎，晚上睡觉的时候，闭眼时炎症在眼睛内淤积繁殖，睡醒后睁眼时，炎症对眼睛的刺激就能够导致疼痛。另外，平时情绪较为紧张，生活、工作的压力比较大，肝火比较旺盛，也可能会引起眼睛疼。
眼睛疼时，建议到医院测量一下眼压，通过裂隙灯或眼底镜检查，看看是否有眼部的其他病变。