沙眼衣原体感染的患者，可以应用一些抗生素滴眼液进行治疗，严重的患者，可能需要全身应用抗生素。
沙眼衣原体感染后，患者一般会出现一些眼部的炎症。在急性炎症的早期，患者会出现畏光、流泪、异物感等不适的感觉。当炎症进展，进入慢性期后，患者会出现眼痒、烧灼感等不适。
患者应及时就医，在医生指导下应用一些抗生素类的滴眼液按时点眼，以抑制、杀灭沙眼衣原体。如果症状比较严重，患者还应该口服一些抗生素进行治疗。当病情不再进展时，应该及时进行手术，矫正沙眼带来的一系列后遗症，以防止患者失明。