咽部囊肿一般需要根据病情严重程度进行治疗，若是囊肿比较小，没有引起任何身体不适，可以继续观察，不用处理。
但若是囊肿长得较大，有明显的吞咽不适或感觉到咽部有异物感，甚至影响发音功能，导致声音嘶哑，影响正常交流等，可以到医院做手术切除治疗。
目前主要在显微镜下进行，且手术方式有很多，比如传统冷器械切除治疗，也可以选择激光治疗、低温等离子或者冷冻等方式治疗。若是导致呼吸困难，可以选择做紧急气管切开术治疗。在手术之后，一定要控制饮食，避免刺激咽喉。