输尿管结石可以使用α受体阻滞剂进行治疗，比如坦索罗辛，能够使输尿管下段平滑肌松弛，从而促进一些小的结石向体外排出。
当输尿管结石在移动时，有可能会引起剧烈的疼痛，可以使用解痉止痛药缓解，比如双氯芬酸钠、吲哚美辛、曲马多等。如果是尿酸类型的结石，可以使用枸橼酸钾等药物将尿液碱化，使结石的体积减小。
有部分输尿管结石有可能会合并感染，应当使用抗菌药物进行治疗，比如左氧氟沙星、阿莫西林等。在用药治疗期间，患者也要加大饮水量，多排尿。