新生儿心脏卵圆孔未闭是新生儿心脏发育过程引起。
在胚胎发育过程中为方便母体的血流和营养物质在左右心房之间流动，供给胎儿生长发育需要，在左右心房之间会形成一条小裂隙，就是所说的卵圆孔。
当新生儿生下来后这条小裂隙因心房内压力的变化，就会形成功能性的闭合，随着时间的流逝逐渐完全长在一起形成永久性的闭合。大多数新生儿的这个过程中会在一年内完成，如果超过一年还没有完全闭合，就是病理性卵圆孔未闭。