嗜酸性粒细胞性膀胱炎一旦确诊，均应积极治疗。
1.为了控制继发性的感染，适当应用抗生素。
2.结合病史及实验室检查寻找过敏原，避免过敏原刺激，并给予脱敏疗法，口服或膀胱内灌注皮质醇，以及应用抗组胺药也有一定的效果，必要时还可以联合中药协助治疗。
3.手术治疗，手术方法主要是经尿道息肉电切，切除息肉深度通常达膀胱肌层，若有严重的输尿管、肾脏积水及输尿管反流，可行膀胱部分切除，膀胱全切及尿流改道手术。
4.本病为良性病变，治疗效果佳、预后好，但可以复发，偶尔也可能发展为恶性病变。