会阴下降综合症的鉴别主要是根据患者有长期过度用力排粪时，检查发现蹲位努挣肛管下降超过2.5厘米以上。直肠指检肛管张力明显减退，即可确诊。但是需要和单纯性内痔脱出、直肠脱垂相鉴别。单纯性内痔脱出一般无疼痛感觉，中后期可有肛门坠胀、瘙痒，如果痔核脱出嵌顿的话可导致疼痛、糜烂、坏死，甚至化脓、继发肛瘘等等。
直肠脱垂早期有肛门下坠感或者里急后重的症状，最常见的主诉是直肠脱出本身，大部分病人的主诉是肛门凸出肿物，初始肿物可自行还纳，随着病情发展需要用手还纳，甚至咳嗽、喷嚏、举重物增加腹压时也可脱出。