夜间脚趾痛多以自发性炎症病变居多。
自发性炎症包括风湿性疾病，如风湿性关节炎、类风湿性关节炎等，可以累及脚趾部位。原因可能与遗传、病毒感染、内分泌代谢异常有关，导致自身免疫系统攻击自身的关节部位，产生关节组织水肿、渗出、炎症、疼痛等表现。
另外，还有痛风性关节炎，是人体嘌呤代谢异常，导致体内痛风石形成并于骨关节部位沉积，刺激骨关节引起炎症性疼痛为表现，足趾是好发部位之一。而另一方面，夜晚是一天中温度最低的时候，寒冷会引起血管收缩，导致末梢循环变差，加之经过一晚上的睡眠，下肢、足、趾长时间不活动，肌肉泵血功能减弱。
上述原因累加可以导致夜间时候脚趾部位的炎症物质浓度更高，炎症反应更剧烈，存在一定粘连夜间疼痛也更明显。