男性小便时出现阴茎疼痛的症状，应针对具体病因予以治疗。
因为发生阴茎外伤、尿道炎症、龟头炎症等疾病时，都可能会出现小便疼痛的症状，而不同病因在治疗上存在差异。
如果患者有明确的阴茎外伤史，可能会导致尿道损伤、阴茎水肿，此时建议留置导尿管直至外伤痊愈，并予以地奥司明片消肿治疗，必要时予以止痛处理。
如果由于发生尿道炎或龟头炎所致，需要积极抗炎治疗。因尿道炎导致疼痛者需口服左氧氟沙星胶囊或静脉使用左氧氟沙星注射液治疗。如为龟头炎所致，可在龟头涂抹复方多粘菌素B软膏消炎治疗。