巧克力囊肿一般是不会闭经，除非是两侧的巧克力囊肿，严重破坏卵巢的功能，导致卵巢没有功能，才会引起闭经。
因为巧克力囊肿的发生，是因为宫腔的子宫内膜组织异位到卵巢，卵巢上的内膜组织也会随月经周期发生周期的出血，导致巧克力囊肿的逐渐增大。因此，当囊肿生长到一定程度，会发生破裂，甚至引起盆腔子宫内膜异位症，肠管表面也被子宫内膜异位组织种植，从而会引起女性的痛经加重。
巧克力囊肿很难引起闭经，因此临床上采用假绝经治疗的方法，来使异位部位的内膜组织萎缩，达到治疗的效果。